Dopo la sua disgrazia (castrazione ordita da Fulberto, zio di Eloisa) e il ritiro nel convento di Argenteuil di Eloisa, torna a scrivere di teologia ma nel 1121 un concilio a Soissons lo condanna al ritiro in convento mentre la sua opera viene bruciata, nonostante le difese del vescovo di Chartres. Si ritira a St-Denis ove non esita a stroncare gli scritti di Ilduino sul fondatore di St-Denis, dimostrando come quest'ultimo non avesse nulla a che fare con Dionigi l'Aeropagita, convertito da San Paolo. Di nuovo è costretto a fuggire e trovare rifugio presso il vescovo di Troyes che gli assegna un terreno a Nogent sur Seine, sul quale fonda un oratorio dedicato alla Trinità, mostrando di non essere domo visto che il libro bruciato a Soissons era proprio dedicato alla Trinità. Bernardo raccoglie la sfida, su espresso invito di Guglielmo di St-Thierry e, a partire dal 1140, orchestra gli attacchi alle sue opere e alle lezioni che nel frattempo Abelardo ha ripreso sulla Montagna di Santa Genoveffa. Bernardo giunge a Parigi e cerca invano di staccare gli studenti da Abelardo, per cui suggerisce un contraddittorio pubblico da tenersi a Sens. Abelardo accetta ma Bernardo cambia abilmente il carattere dell'incontro e lo trasforma in un Concilio per giudicare Abelardo, accusato di eresia.